在一次演习中,一艘军舰发生意外,年轻海军军官李臣旭(郑雨盛 饰)在事件中被怀疑杀害上司,最后被判枪毙。但醒来时发现自己并未死去,还身处韩国绝密的核武基地内。1996年12月,俄罗斯为偿还债务抵给了韩国一艘攻击型潜艇,韩国趁机把它改造成了核潜艇,命名「幽灵号」,并将其视为国家机密。跟它的名字一样,艇上所有队员没有名字,只有代号,李臣旭被编号为431,职务是飞弹主任。 转眼他们迎来了首航,但很快地,潜艇便接到来自政府最高权力的命令,美国跟日本已经知道了「幽灵号」,总部为了销毁证据,决定毁掉潜艇。得知此事后,个性好战的副艇长202号(崔民秀 饰)借“发生叛变事件”杀死了艇长,控制了「幽灵号」。面对闻讯赶来的431,接管艇长的202表示自己目的只有一个:炸沉日本,引发最新一次世界大战! 431决定进行反抗,免世界于沉灭…