El Dr. Saotome regresa de la muerte después de haber sido supuestamente asesinado por el piloto del Getter Robo, Ryoma Nagare y amenaza al mundo con un última creación, El Shin Dragon. Ahora Ryoma de mala gana le tocará formar nuevamente equipo con sus antiguos compañeros, Jin Hayato y Tomoe Mushashi, para poder combatir así al Dr. Saotome, pero este no será el único de sus problemas, porque desde las sombras acechan los misteriosos Invasores, extraterrestres que tiene la habilidad de poseer humanos y deformar su carne para crear horribles criaturas.