Colonia fortæller historien om Lena og Daniel, et ungt par, der bliver fanget i det chilenske militærkup i 1973. Daniel bliver kidnappet af Pinochets hemmelige politi, og Lena sporer ham til et aflukket område i det sydlige Chile ved navn Colonia Dignidad. Colonia fremstår som en velgørende mission ledet af lægprædikanten Paul Shafer, men er faktisk et sted, ingen nogensinde er flygtet fra. Lena beslutter at slutte sig til denne dystre og mystiske sekt for at finde Daniel.